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銷售或外購貨物時，是和運輸代理單位簽訂合同，取得的一般是貨運代理業(yè)發(fā)票。根據(jù)政策規(guī)定，貨運代理業(yè)發(fā)票是不能計算增值稅進項稅抵扣的。實務(wù)中，有部分納稅人將取得的這種貨運代理發(fā)票計算抵扣增值稅進項稅導致了稅務(wù)機關(guān)的處罰。
10.遠洋運輸發(fā)票和境外運輸發(fā)票不能抵扣。遠洋運輸發(fā)票屬于國際貨物運輸發(fā)票，根據(jù)財稅[2005]165號的規(guī)定，一般納稅人取得的國際貨物運輸代理業(yè)發(fā)票和國際貨物運輸發(fā)票，不得計算抵扣進項稅額。對于國際貨物運輸發(fā)票是不準抵扣增值稅進項稅的，即企業(yè)發(fā)生的中國境外的運輸費用是不能抵扣增值稅的。
對于增值稅一般納稅人在進口和出口貨物環(huán)節(jié)發(fā)生的境外運輸費用能否抵扣增值稅進項稅問題：根據(jù)規(guī)定，增值稅一般納稅人取得的境外運輸費用是不能計算增值稅的進項稅的。
《財政部國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅若干政策的通知》財稅[2005]165號文第7條第三款規(guī)定：一般納稅人取得的國際貨物運輸代理業(yè)發(fā)票和國際貨物運輸發(fā)票，不得計算抵扣進項稅額。財稅[2005]165號文不僅強調(diào)了國際貨物運輸代理業(yè)發(fā)票不得計算抵扣增值稅進項稅，而且規(guī)定國際貨物運輸發(fā)票也不得計算抵扣進項稅。實際就明確了增值稅一般納稅人發(fā)生的境外運輸費用是不能抵扣進項稅的。
11.稅務(wù)^*發(fā)票手續(xù)不全，不予抵扣進項稅額。納稅人可以申請稅務(wù)機關(guān)代開運輸發(fā)票，但稅務(wù)機關(guān)代開的發(fā)票未必就一定可以抵扣進項稅額。《國家稅務(wù)總局〈關(guān)于加強貨物運輸業(yè)稅收征收管理有關(guān)問題〉的通知》（國稅發(fā)明電[2003]55號）規(guī)定：地稅局代開貨運發(fā)票時，應(yīng)加蓋代開票地稅局發(fā)票專用章，專用章有代開票地稅局名稱和地稅局代碼，否則不予抵扣增值稅。
12.超過規(guī)定期限未申報不得抵扣?！秶叶悇?wù)總局〈關(guān)于貨物運輸業(yè)若干稅收問題〉的通知》（國稅發(fā)[2004]88號）規(guī)定：增值稅一般納稅人取得的貨物運輸業(yè)發(fā)票，可以在自發(fā)票開具日180天后的*9個納稅申報期結(jié)束以前申報抵扣。一般來說，抵扣憑證應(yīng)當自開票之日起180天內(nèi)向主管國稅局申報抵扣。超過時限的不允許抵扣。
13.納稅人同時購入允許抵扣的貨物和不允許抵扣的貨物所發(fā)生的運費，如果能夠合理劃分，則運輸允許抵扣貨物部分的運費的進項稅額可以計算抵扣，如無法劃分，則不得計算進項稅額抵扣。
14.比對不符的運輸發(fā)票不得抵扣?！秶叶悇?wù)總局〈關(guān)于加強貨物運輸業(yè)稅收管理及運輸發(fā)票增值稅抵扣管理〉的公告》（國稅發(fā)[2003]120號）規(guī)定，國稅局對增值稅一般納稅人申請抵扣的所有運輸發(fā)票與營業(yè)稅納稅人開具的貨物運輸業(yè)發(fā)票進行比對，凡比對不符的，一律不予抵扣。
國稅函[2007]722號文件規(guī)定，屬于“認證不符”中“納稅人識別號認證不符（發(fā)票所列受票方納稅人識別號與申報認證企業(yè)的納稅人識別號不符）”、“發(fā)票代碼號碼認證不符（機打代碼或號碼與發(fā)票代碼或號碼不符）”的貨運發(fā)票，不得作為增值稅進項稅額抵扣憑證。
“重復認證”、“密文有誤”和“認證不符（不包括發(fā)票代碼號碼認證不符和納稅人識別號認證不符）”的貨運發(fā)票，暫不得作為增值稅進項稅額抵扣憑證，稅務(wù)機關(guān)應(yīng)扣留原件，移送稽查部門作為案源進行查處。屬于稽核發(fā)現(xiàn)涉嫌違規(guī)的貨運發(fā)票，暫不得作為增值稅進項稅額抵扣憑證，由管理部門按照審核檢查的有關(guān)規(guī)定進行核查和處理。
經(jīng)稽查部門檢查或管理部門審核檢查確認屬于稅務(wù)機關(guān)操作問題以及技術(shù)性問題造成的，允許作為增值稅進項稅額抵扣憑證；不屬于稅務(wù)機關(guān)操作問題以及技術(shù)性問題造成的，不得作為增值稅進項稅額抵扣憑證。
15.其他單位代運輸單位和個人開具的運輸發(fā)票不得抵扣?！秶叶悇?wù)總局〈關(guān)于貨物運輸業(yè)若干稅收問題〉的通知》（國稅發(fā)[2004]88號）規(guī)定：運輸單位提供運輸勞務(wù)自行開具的運輸發(fā)票，運輸單位主管地方稅務(wù)局及省級地方稅務(wù)局委托的^*發(fā)票中介機構(gòu)為運輸單位和個人代開的運輸發(fā)票準予抵扣。除此以外的其他單位代運輸單位和個人開具的運輸發(fā)票一律不得抵扣。
16.未按規(guī)定逐票填寫《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》的不得抵扣?！秶叶悇?wù)總局〈關(guān)于加強貨物運輸業(yè)稅收征收管理〉的通知》（國稅發(fā)[2003]121號）中附件2《運輸發(fā)票增值稅抵扣管理試行辦法》第四條規(guī)定：納稅人取得所有需計算抵扣增值稅進項稅額的運輸發(fā)票，應(yīng)根據(jù)相關(guān)運輸發(fā)票逐票填寫《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》，在進行增值稅納稅申報時，除按現(xiàn)行規(guī)定申報報表資料外，增加報關(guān)《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》。納稅除報送清單紙質(zhì)資料外，還需同時報送《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》的電子信息。未單獨報送《增值稅運輸發(fā)票抵扣清單》紙質(zhì)資料及電子信息的，其運輸發(fā)票進項稅額不得抵扣。
17.抵扣聯(lián)加蓋印章的發(fā)票不得抵扣。國稅發(fā)[2006]67號文件規(guī)定，開具《貨運發(fā)票》時應(yīng)在發(fā)票聯(lián)左下角加蓋財務(wù)印章或發(fā)票專用章或^*發(fā)票專用章；抵扣聯(lián)一律不加蓋印章。
18.國際貨物運輸代理發(fā)票不得抵扣。國稅函發(fā)[2005]54號文件規(guī)定，增值稅一般納稅人支付的國際貨物運輸代理費用，不得作為運輸費用抵扣增值稅。
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